税基选择不当也会给Y医疗器械公司带来不必要的纳税风险。根据公司财务调查结果显示，首先，公司会计人员对税收优惠政策缺乏了解。78%的受访者不了解公司的税收优惠政策，95%的受访者不理解税收优惠政策的具体条款和范围。其次，公司会计人员没有区分税务核算和会计核算。32%的受访者没有根据税法进行纳税调整，72%的受访者只针对部分项目进行了纳税调整。*后，公司会计人员对税收政策的调整缺乏关注。90%的受访者对纳税政策的调整缺乏关注，每次调整后只会被动等待税务机关的通知。72%的受访者表示自己从未参加过税务机关组织的培训研讨会。  

    为进一步加强对医疗器械行业的支持，Y医疗器械公司所属的省政府出台了一系列惠企政策，包括建立专项资金，推动新型医疗设备研发、疾病治疗等科技专项项目的落实，加快了医疗器械行业的快速发展。针对获得的政府补贴，如果Y医疗器械公司未按照财税【2011】70号文件的规定将其归类为不应纳税所得额，将存在纳税风险。Y医疗器械公司对优惠政策的理解和操作经验不足，税基选择不当可能导致额外缴纳税款。公司在扣除的投资额中包括了通过财政拨款购买的设备的投资额或允许从进项税额中扣除的特种设备的进项税额，这可能会导致Y医疗器械公司超额支付税款并产生纳税风险。