税务风险管理中审计制度是不可缺少的一项内容，公司长期以来一直在年度审计时聘请审计中介，进行财务审计，并没有针对性进行税务审计。为了强化税务风险管理，公司风险管理，建议公司设立专职内部审计部门，对税务风险管理工作进行审计检查。建立内部审计机制不仅可以检查税务风险控制系统的有效性，还可以审阅税务相关资料的真实完整性，降低纳税错报的风险。建立内部审计制度还可以完善公司内部控制机制，帮助公司做好风险的控制。          

    定期组织内部审计部门实地调研对税务风险管理系统执行有效性进行审计，提交内部审计报告，报告己经设别的税务风险管理系统中的问题。定期对重点监控的税务风险项目进行案头调查审计，审阅、评价风险大小，审阅税务资料的真实完整性、准确性，就其中发现的问题进行报告。

    结合公司建立税务风险评估指标体系，采用风险向导方法进行审计，针对重点风险进行审计。内部审计时不仅审计税务资料是否真实完整、申报准确与否、是否及时缴纳、税务核算是否正确;还要对税务风险控制系统设计的是否有效、执行的是否有效进行内部控制审计。