(一)缺乏战略目标和风险管控

    高校校办企业隶属于学校，正式管理者往往是高校领导，这些高校领导井非全是专业财会人员或管理人员，所以由他们负责监督的财务和税务工作体系往往会缺乏长远的战略目标和科学的风险管控体系。战略目标通常强调可持续发展的财务目标，它的实现是通过资本配置和使用达到企业利益*大化，高校领导受到半行政化管理模式影响未能建立有效的收益分配目标，企业发展缺乏动力。战略目标的缺失影响企业发展的步伐，而风险管控体系不完善，却给校办企业发展带来了许多未知的风险。校办企业的风险管控体系基本借鉴于行政事业单位的风险管理模式，独立、高效内部风控制度的缺失。因此，针对不同的经济活动，校办企业风控管理存在防御力度不足的间题。            

    (二)缺乏成本核算和绩效体系

    大部分企业经营运行中，成本核算往往要全面、准确、真实，这也是校办企业中存在的大间题。**，成本核算的准确性间题。高校的资产使用权大多数在校办企业上，但校办企业财务账面却没有登记，更不可能准确累计折旧，后续资产管理和纳税都会受成本核算不到位的影响。同样地，一些校办企业为高校代购资产，由企业支付，财务入账，真实的使用权却在高校手里，没有明确划分标准。第二，成本核算的真实性间题。学校举办大型活动或会议，往往需要校办企业承包，降低经费使用，把账面价值调低，与真实成本存在较大差异，严重影响了成本核算的真实性。第三，成本核算的全面性间题。校办企业和高校人员工资薪酬核算，通常无法区分开来，对于身兼多职管理者薪资总是记入高校成本管理中，人工成本的分配比较混乱，未能做到全面化的成本核算。工资的合理记账和分配间题也影响着绩效考核体系的发展。校办企业的半行政化管理模式，部分管理人员十着高校和校办企业工作，却只能拿着高校的工资，出现了“大锅饭”间题。没有完善绩效管理体系，缺乏KPI绩效考核，难以激发员工的动力，校办企业止步不前。

    (三)缺乏财务人员和管理模式

    校办企业的管理人员通常是高校领导，大部分缺乏专业财会人员素养，管理层以下的财务人员都是通过内招或外招途径，对行政单位的财务流程比较熟悉，但对于企业的财务流程比较陌生，停留在表层理论知识，缺乏较为流畅的实务经验。主要表现在遇到特殊事项，不能依据企业会计准则灵活处理。这就导致了校办企业在会计实务处理中的呆板、不科学，甚至不正确的处理方式，产生了校办企业账面混乱的局面。这一系列间题出现的核心在于校办企业缺乏专业素养且知行合一的专业财会人员。此外，校办企业的管理模式也存在一定的弊端。校办企业的管理模式效仿半行政单位的管理模式，再加之校办企业人员身兼多职务，人员流动性较大，更不易形成科学的管理模式。在一些校办企业中，领导层缺乏统一管理的各种思想，默认人员流动分散局面，目的是为了支付较少的人员薪资。没有科学的管理模式，就没有成型的校办企业，校办企业存在就不能帮助高校的发展。