1.现行税法对公益二类事业单位的影响

    尽管国家出台了一系列税收优惠政策支持公益二类事业单位的发展，但在实际操作中，这些政策的落实情况并不理想。一些事业单位由于信息不对称或理解偏差，未能充分利用这些优惠政策，导致实际税负并未得到有效减轻。根据《中华人民共和国企业所得法》，企业的生产、经营所得和其他所得均需按规定缴纳企业所得税。但对符合条件的非营利组织有免税优惠。问题在于，如何界定“符合条件的非营利组织”存在一定的模糊性，在税务管理的实际操作中出现争议。                     

    除了《企业所得税法》之外，还有一些其他相关法规对非营利组织的税务管理进行了规定。例如，《公益事业捐赠法》允许符合条件的非营利组织享受税收减免优惠，但这些法规的具体适用条件和范围尚不够明确，需要进一步细化和完善。

    2.企业所得税征管中的分歧

    公益属性与纳税身份本就存在矛盾，许多公益二类事业单位对其作为企业所得税纳税人的身份存有异议。根据相关指导意见，这些单位的主要职责是提供公益服务，承担较多的国家级或地方财政任务，而非以盈利为目的。因此，它们认为自身不符合企业所得税纳税人的特征。然而，税务机关则认为，尽管这些单位具有公益性质，但其经营所得仍应纳入企业所得税范畴。

    3.税务筹划能力弱

    由于事业单位本身不以盈利为目的，只要完成了国家赋予的某方面事业任务即可。因此，部分事业单位对纳税行为管理内在动力不足，观念陈旧，认识模糊，认为“吃皇粮”的，税多税少都是国家的，与自身关系不大，用不着事先进行税收筹划。这种思想导致事业单位对依法纳税感到不适应，纳税意识淡薄，消极待税现象严重，税收筹划能力较弱。同时，事业单位的财务人员一般对财政预算管理、预算会计核算较为熟悉，但对涉及企业会计的税收处理不熟，对税收筹划基本没实操过，与企业相比，由于体制不同、竞争激烈程度不同、薪酬待遇的差距，使得事业单位部分会计人员缺乏理论背景和业务实际操作背景，中高级人才尤其缺乏。这都会导致事业单位在税收筹划方面的能力相对较弱。

    4.内部控制机制不健全

    事业单位内部控制意识普遍较为薄弱，特别是单位负责人内控意识淡薄，缺乏对内控制度的了解，没有充分发挥财务部门在内控中的控制监督职能。税收管理要想有效发挥作用，离不开健全完善的内部控制。目前，在内部监督方面，很多工作的开展还未制度化、规范化，因此，税收管理还不能发挥实质性的作用。

    部分事业单位的财务管理制度不够完善，导致在税收筹划过程中缺乏明确的指导和规范。这可能导致事业单位在税收筹划时无法准确把握政策导向，难以有效利用税收优惠政策，从而影响税收筹划的效果。