(一)企业对认定办法不了解

    很多高科技企业针对国家颁布的新规，没有明确的认识，不能及时掌握政策要点，为企业税务筹划工作带来很大的阻碍，甚至无法享受高新技术企业优惠政策。例如，为扶持和鼓励高新技术企业的发展，目前《高新技术企业认定管理办法》强化了后续监督管理，突出研发费用和新收入两大指标，若不及时了解新的政策可能会对企业的高新认证或者复审有一定的影响。            

    (二)企业对税收优惠政策的要求执行不到位

    税收优惠政策中针对高科技企业的规定多而烦琐，然而近两年来为了优化税收环境，有效落实各项优惠政策，相关部门发布了一系列文件简化了办税流程，企业在享受税收便利的同时也面临着一定的风险。例如，高新技术企业享受税收优惠采取“自行判别、申报享受、相关资料留存备查”，备查资料烦琐且不用强制提交即可先行享受优惠政策，企业很可能简化甚至不按规定留存备查，这将使企业存在税务稽查的风险。

    (三)企业难以细致掌握税收优惠政策

    企业在享受优惠政策过程中需要其他部门的配合，比如如果涉及给客户开发软件的话想享受即征即退的优惠政策，一方面从签订合同时就应当考虑合同的内容是否符合退税的要求，另一方面软件开发后所有权属于本企业的话应当及时申请软件证书并通知财务及时备案。高科技企业的税收优惠政策较为分散，且近两年相关部门经常发布一些文件对税收优惠政策进行完善修订补充调整，大部分高科技公司没有对税收优惠政策进行系统性的梳理。