(一)风险复杂性

    企业在正常运行当中，就需要面对税务机关的税务审计和稽查，对相关税务工作进行汇报和统筹。在实现财务集中核算模式之前，企业就需要将自身年度税务相关业务与税务检查机关接洽，接受相关的检查，如其中某项业务存在问题，则需要接受相应的处罚，甚至需配合后续的追溯延伸检查。而在实行财务集中核算模式后，企业不仅要面对之前的税务风险，还应面对自身业务拓展带来的相关税务风险。企业涉税业务越来越多，其潜在的税务风险也就相应增加，风险的复杂性更高，风险预防和控制的难度也就相应增大。      

    (二)管理粗放性

    财务集中核算，既给企业未来发展提供了巨大的便利，同时也造成了税务上的巨大风险。税务管理部门在财务集中模式下需要进行相应的精简，税务管理人员也相应减少。而企业的业务范围一直处于扩大状态，相应的税务核算范围也进.步扩大。常规工作中的税务核算和审计工作除外，还需应刊税务机关的税务检查，如此一来，在应对更加繁重的税务核算工作时，税务管理人员的精力往往不足，经常性出现纸漏和多种问题。税务核算管理模式处卜粗放状态，其粗放性更为显著，相应的税务风险也就更大。

    (三)筹划局限胜

    实行财务集中核算模式，企业的财务管理和战略决策均由上级企业制定，下级企业只能被动接受和执行，往往造成其核算标准与自身存在较大差距，无法实现税务筹划的合理性。以企业员工个人所得税的纳税筹划为例，上级企业部门对于年金和商业保险等相关涉税项目进行统一规定，并下发至下级企业部门执行。下级企业部门税务管理人员只能严格按照上级企业部门规定，而无法结合员工的实际情况进行相应的筹划管理，造成与实际结合不足、税务风险发生概率增大的后果。企业在纳税筹划方面的难度更大，局限性更为显著。