1.分析财务报表所固有的局限性:分析时会将分析资源和精力集中在财务信息的分析处理上，这通常会导致对非财务信息的轻视甚至忽略。其中长常见的情况表现为在分析和使用财务指标时，商业环境、产业动态和经济状况等非财务数据的信息可能忽略，甚至为了财务分析而脱离了实际情况和分析目的。此外，企业的财务报表是根据固定格式编报税务，向数据用户提供的信息有限，而不同的税务稽查人员对稽查的切入点不同，要求的信息差异可能很大，固定的财务报告的格式并不一定能分析出使用者想要的信息。另外，在使用财务报表分析方法的范围上来说，大型和中型公司拥有相对健全的财务会计体系，公司的财务报表编制及时，错误较少。但是对于许多会计核算不那么齐全的小公司来说，相关的财务会计数据可能是不及时或者不专业的，甚至于财务报表和商业活动存在严重的分离或扭曲，在这样的基础上进行财务分析是不可能的。    

    2.财务报表分析对税务稽查的局限:财务报表分析的结果更多是税务稽查过程中的思路参考和不同的思路转换，其分析结果仅能作为合理怀疑进行分析验证。不能作为执法证据使用。税务稽查应当依照法定的权限、范围、条件和程序实施税务稽查活动，要从客观事实、依据证据出发才能保证执法的公平、公正。只有将财务报表分析的得出的合理怀疑的资料全面结合账簿资料、业务流程资料、实地检查情况、笔录情况等证据进行综合分析才能对相关交易的真实性、相关性和合理性进行综合判定。

    另外财务报表分析只是税务稽查的手段和工具之一，不是每一个税务稽查案件都需要对其进行全部的财务报表数据的分析，再目前稽查力量短缺，案件数量繁多的压力下，财务报表分析可以为更好更快的办结案件提供一条思路，每一个案件需要根据不同情况进行不同的分析应对，财务报表分析不是必要的路径选择。