财务管理在种业企业实际的经营管理过程中存在着很多难题，资金利用率低以及财务管理税务筹划未实现有效结合是*为突出的两大难题之一资金利用率低也是困扰着众多种业企业的难题之一。种业企业的经营期一般比较长，从研发到推向市场要走很长时问，所以资金的占用率比较高，周转也较慢。种业企业在生产经营管理和预算编制与执行的过程中，存在着管理松散的问题，对资金的分配没有着重放在关键的研发阶段，而将资金分散在一些无关的关键环节，因而致使种业企业的资金利用率更加低下。                      

    此外，在财务管理与税务筹划分离问题上也非常明显。不少种业企业不重视有计划的税务筹划，企业没有充分利用现有的税收优惠政策，以节省企业的税负支出，亦或者企业在研发费用加计扣除政策下，没有对企业研发成本的归集与核算做到完整、规范，导致未能享受税收优惠政策。又或者企业之问没有较好的协同合作，没有良好的信息共享，进而造成财务管理与税务筹划之问脱节的现象。